Il Museo di Antropologia è sorto nel 1881 con la cessione all’università di Napoli di alcune collezioni riunite da Giustiniano Nicolucci, chiamato nel 1880 a ricoprire la cattedra di Antropologia istituita presso questa università.
Il Museo Zoologico della Regia Università degli Studi di Napoli fu istituito da Gioacchino Murat nel 1811. Ferdinando I di Borbone nel 1815 assegnò i locali attualmente occupati dalla biblioteca Universitaria. Il primo direttore fu Luigi Pedagna che, tra l’altro, costituì le prime collezioni originali. Gli subentrò nel 1832, Giosuè Sangiovanni a cui si deve l’edificazione di una nuova sede l’attuale salone maggiore, dove nel 1845 si tenne il settimo congresso degli scienziati Italiani.
Il Real Museo Mineralogico ha sede nella prestigiosa biblioteca settecentesca del Collegio Massino dei Gesuiti. Il Real Museo Mineralogico, inaugurato da Ferdinando IV molto probabilmente nel 1801, divenne ben presto un importante centro di ricerca scientifica.
Dei quattro musei scientifici universitari afferenti al “Centro Museo delle Scienze Naturali”, il Museo di Paleontologia è il più recente, essendo sorto nel 1932 a seguito dell’istituzione della cattedra omonima. L’origine delle sue collezioni tuttavia è molto più antica e va fatta a risalire agli inizi dell’800 quando si venne a costruire il Real Museo Mineralogico.